學院注重培養學生專業實踐能力，現已建成了7個實踐教學基地，覆蓋了2國（中國、馬來西亞），3省（福建省、安徽省、廣東省），7市（廈門市、漳州市、三明市、福州市、泉州市、巢湖市、惠州市），4個海區（廈門灣、九龍江河口、惠州灣、南海），依托實踐基地開展3個層次的專業實習（課程實習、行業實習、綜合海洋調查）。

國家級實踐教學基地

長江口及其鄰近海域海洋生物與生態野外實踐基地

（合作單位：浙江海洋大學、中國海洋大學）

省級實踐教學基地

南方海洋理科實踐基地

（合作單位：福建臺灣海峽生態系統國家科學觀測研究站東山實驗場）

校級實踐教學基地

廈門大學物理海洋學科大學生校外實習實踐教育基地

（合作單位：福建省預報臺、廈門海洋預報臺）

廈門大學海洋科學野外綜合實踐基地

（合作單位：長江口及其鄰近海域海洋生物與生態野外實踐基地、浙江海洋大學）

廈門大學惠州市海洋學科大學生實踐基地

（合作單位：廣東大亞灣水產資源省級自然保護區管理處、惠州市海洋技術中心實驗室 、惠州迪芬尼聲學科技股份有限公司）

廈門大學海洋生物技術產學研實踐基地

（合作單位：安井食品集團股份有限公司、福建大北農華有水產科技集團有限公司、漳州卜蜂正大水產有限公司）

廈門大學福建省地震局海洋學科教學實踐基地

（合作單位：中國地震局廈門海洋地震研究所、福建省海洋地震監測中心、泉州國家基準地震臺）